Việc Đinh quý tấn qua đời đã dẫn đến rạn nứt trong mối quan hệ giữa Tiêu Thống và phụ hoàng. Tiêu Thống đã tìm được một địa điểm thích hợp để an táng Đinh quý tần, song một địa chủ đã hối lộ cho hoạn quan Du Tam Phó (俞三副) để thuyết phục Lương Vũ Đế rằng mảnh đất của người này sẽ đem đến may mắn cho hoàng đế, và do vậy Lương Vũ Đế đã mua đất và an táng Đinh quý tần tại đó. Tuy nhiên, đến khi Đinh quý tần được an táng, một đạo sĩ Đạo giáo đã nói với Tiêu Thống rằng mảnh đất đó sẽ đem đến vận xấu cho Tiêu Thống. Do đó, Tiêu Thống đã cho phép đạo sĩ chôn một vài món đồ để hóa giải vận xấu, như vịt sáp, tại vị trí dành cho người con trai trưởng. Sau đó, khi Bào Mạc Chi (鮑邈之) bị Ngụy Nhã (魏雅) chèn ép trong nội bộ nhóm người phụng sự Thái tử, ông ta đã báo với Lương Vũ Đế rằng Ngụy Nhã tiến hành ma thuật nhân danh Tiêu Thống. Đến khi Lương Vũ Đế điều tra thì đã tìm thấy vịt sáp, hoàng đế trở nên sửng sốt và tức giận, và muốn điều tra thêm. Lương Vũ Đế đã chỉ dừng lại khi được Từ Miễn (徐勉) khuyên can, và chỉ cho hành quyết đạo sĩ Đạo giáo. Vụ việc đã khiến Tiêu Thống bị làm cho bẽ mặt, và Thái tử đã không bao giờ có thể thanh minh hoàn toàn cho mình trong suy nghĩ của phụ hoàng.

Tiêu Thống qua đời vào năm 531. Ngay cả khi đã lâm bệnh nặng, do lo sẽ khiến phụ hoàng phải lo lắng cho mình, Tiêu Thống vẫn đích thân viết sớ tấu cho phụ hoàng. Sau khi Tiêu Thống qua đời, đích thần Lương Vũ Đế đã dự lễ thông dạ cho ông và cho chôn cất hoàng nhi trong một lăng mộ giống như của hoàng đế. Lương Vũ Đế cũng triệu trưởng tử của Tiêu Thống là Hoa Dung công Tiêu Hoan (蕭歡) trở về kinh thành Kiến Khang, chuẩn bị để lập Tiêu Hoan làm hoàng thái tôn. Tuy nhiên, do vẫn còn bực bội trước vụ ma thuật khi xưa, Lương Vũ Đế đã lưỡng lự trong nhiều ngày mà chưa đưa ra quyết định, và cuối cùng đã không làm như vậy. Thay vào đó, chống lại quan điểm phổ biến của Nho giáo, Lương Vũ Đế đã lập hoàng đệ đồng mẫu của Tiêu Thống là Tiêu Cương làm hoàng thái tử. Để bù đắp cho ba nhi tử của Tiêu Thống, Lương Vũ Đế phong họ làm thân vương của các quận lớn. Năm 551, Hầu Cảnh đã phế truất Lương Giản Văn Đế Tiêu Cương và lập cháu nội của Tiêu Thống là Dự Chương vương Tiêu Đống làm hoàng đế.